El IEPS debe de configurarse desde Productos > Productos (anexo imagen)
Si el producto no tiene definido el porcentaje de IEPS tu orden de compra estará mal y por lo consiguiente la entrada de almacen no coincidirá con la factura.
En caso de que el proveedor no manejo el mismo precio en la cotización y en la facturación favor de hacer el cambio en la orden de compra para que puedan darle entrada al almacen.